1、刺激有機質釋放營養。豐富的有機質通過微生物活動后，可不斷釋放出植物生長所需要的營養元素，達到肥效持久的目的。

2、減輕病害。菌肥中在植物有機肥根菌肥大量生長、繁殖，從而形成優勢菌群，這樣就抑制和減少了病原的入侵和繁殖機會，起到了減輕作物病害的功效。

3、松土保肥、改善環境。豐富的有機質還可以改善土壤物理性狀，增加土壤團粒結構，從而使土壤疏松，減少土壤板結，有利于保水、保肥、通氣和促進根系發育，為農作物提供適合的微生態生長環境。

4、生物激素刺激作物生長。多孢菌菌肥中的微生物，無論在其發酵過程（可理解為微生物的自身繁殖過程），還是在土壤內的生命活動過程中，均會產生大量的赤霉素和細胞激素類等物質，這些物質在植物根系接觸后，會調節作物的新陳代謝刺激作物的生長，從而使作物產生增產效果。