雞糞有機肥施在地表降低了雞糞有機肥的改土作用。大多數蔬菜根系主要分布在5~20厘米的土層內，地表生出的根系又叫氣生根，吸收養分、水分的能力很弱，而且因為地表溫、濕度等環境條件變化劇烈，根系易受傷、老化。 

露在地表的雞糞有機肥產生的有害氣體直接進入空氣，對葉片的影響很大。施用雞糞有機肥后會產生氣害，除了雞糞有機肥未充分腐熟、施用量大和棚室通風條件不佳等原因外，雞糞有機肥分布淺甚至露在地表也是很重要的原因。土壤具有很強的吸附性，埋入土壤中的雞糞有機肥在腐熟過程中產生的氨氣等有害氣體會被土壤吸附轉化，不能進入空氣，也就不會出現氨氣等氣害。