隨著農戶種植模式轉變、施肥用藥習慣的轉變，生物菌肥廠家的肥料成為農作物生產中出現了許多新問題，為了應對新問題，用戶將注意力轉向了微生物肥料產品。微生物肥料是指含有特定微生物活體的制品，應用于農業生產，通過其中所含微生物的生命活動，增加植物養分的供應量或促進植物生長，提高產量，改善農產品品質及農業生態環境。目前，微生物肥料包括微生物接種劑（微生物菌劑）、復合微生物肥料（菌肥）、生物有機肥（菌肥）三類。在使用過程中，微生物肥料在提高土壤生物肥力、防控根部病害、提高產品品質作用顯著，但是也有用戶反映效果不穩定，同一批次的品種在不同作物、不同時期、不同用量的情況下效果差異很大。經過調查發現，引起效果不穩定有產品本身的問題，也有儲運和用戶使用的問題。因用戶不正確使用造成微生物肥料效果降低的現象十分常見，農戶使用這類肥料中存在諸多誤區，主要體現在觀念和使用方法上。