微生物通過代謝將污染物氧化分解為二氧化碳和水等最終產物，或轉化為微生物和植物的營養物質，比如光合細菌和芽孢桿菌等，能將惡臭氣體硫化氫轉化成自身生長所需要的硫元素。

有的微生物含有多糖類黏性物質，可以吸附環境中的污染物。劉志恒強調，我國土壤重金屬污染形勢嚴峻，利用微生物吸附重金屬離子，是目前最有發展前景的治污方法之一。

用微生物菌肥拌種有促進作物出苗和分蘗生長作用，能夠提高各主要器官干物質積累量。在減少化肥用量同時用生物菌肥拌種處理的情況下，與常規施用化肥相比，產量和品質均高于后者，且可以改善土壤環境，如豐富土壤微生物群體，疏松土壤，改善土團粒結構等等。