無處不在的微生物，對有機化合物有強大的分解能力，是大自然的清潔工，被譽為“天然環境衛士”?？梢韵胂螅绻麤]有微生物，地球上的動植物殘體將會堆積如山，擠占人類的生存空間，讓人類沒有立足之地。于是，以微生物為載體制成的農用微生物制劑，被廣泛用于治理土壤污染。

選擇微生物菌肥一定要根據作物進行選擇。例如，針對大田作物，如水稻、玉米、小麥等，建議選擇復合微生物肥料。因為復合微生物肥料中既包含了菌、又包含氮、磷、鉀養分，以及有機質，使用起來更方便；在單獨使用氮肥、磷肥或鉀肥的地塊，可以配合施用微生物菌劑，起到促生長、抗病抗蟲等作用；針對瓜果蔬菜，建議使用生物有機肥，改善瓜果蔬菜的口感和品質。此外，有些農民將雞糞、豬糞等堆積發酵做成有機肥，過程中可以添加含有腐熟菌的菌劑，加快有機肥的腐熟速度，同時還可以添加一些功能菌劑，變成生物有機肥。